Кафедра информационных систем (ИС) была образована решением Ученого Совета РГПУ им. А.И. Герцена от 27 мая 2004 года и на основании приказа №4877 от 18 июня 2004 года. Открытие кафедры ИС в структуре Института образовательных технологий (факультет информационных технологий) состоялось 1 сентября 2004 года.
Формирует и руководит кафедрой, с первого дня её основания, доктор физико-математических наук, профессор, академик Академии информатизации образования, советник по информатизации, член Научно-методического совета по подготовке кадров высшей квалификации УМО Министерства образования и науки РФ по направлениям педагогического образования «Совершенствование подготовки и аттестации научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации», Флегонтов Александр Владимирович.
 Флегонтов А.В. является крупным ученым в области информационных технологий математического моделирования. Ведет активную научную работу в направлениях: структурно-инвариантный анализ и синтез нелинейных математических моделей; математическое моделирование динамических систем; символьные вычисления; теория типов в компьютерной алгебре; математические информационные системы и интегральные средства открытого типа; компьютерные математические справочные информационные системы. Автор 150 научных и учебно-методических работ. Руководил несколькими международными научными проектами. Осуществляя соруководство и руководство проектами Федеральной целевой программы по государственной поддержке интеграции высшего образования и фундаментальной науки, занимался организацией и проведением в Санкт-Петербурге международных молодежных конференций по дифференциальным уравнениям и их приложениям, а также, по программе РАН «Поддержка молодых ученых» на 2004–2006гг., занимался организацией Международных молодежных научных школ «Информационные технологии математического моделирования». На протяжении ряда лет (начиная с 1994 г.) научные исследования, осуществляемые под руководством Флегонтова А.В., были поддержаны грантами. Американский Библиографический Институт (ABI – USA, штат Северная Каролина) номинировал профессора Флегонтова А.В., признанного этим же Институтом «Человеком – 2000 года», на получение одной из самых престижных международных наград 2010 года «ЗОЛОТОЙ МЕДАЛИ ДЛЯ РОССИИ» в знак признательности его научных заслуг не только внутри страны, но и во всем мире.